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蚊子主要的危害是傳播疾病。據研究，蚊子傳播的疾病達80多種之多。在地球上，再沒有哪種動物比蚊子對人類有更大的危害。
我國能傳播疾病的蚊大致可分為三類：一類叫按蚊，俗名瘧蚊，主要傳播瘧疾。據不完全統計，1929年的1年內，全世界因患瘧疾致死的約200萬人。另一類叫庫蚊，主要傳播絲蟲病和流行性乙型腦炎。第三類叫伊蚊，身上有黑白斑紋，又叫黑斑蚊，主要傳播流行性乙型腦炎和登革熱。
瘧疾又稱瘴氣。據1935年衛生署的調查，在瘴氣盛行的區域里，居民血液內有瘧原蟲的占50％，患惡性瘧疾的占72％。1876年開鑿巴拿馬運河時曾因黃熱病及瘧原死了無數的工人，以致1889年不得已而停工。后經昆蟲學家解決了蚊子的問題才得以繼續完成運河工程。
蚊子是怎樣把病原傳入人體的呢?當瘧蚊吸食患有瘧疾病人的血液，也把其中的瘧原蟲(瘧疾的病源)吸進體內。它們再咬人時，瘧原蟲又從蚊子的口中注入被咬者的體內了。十天以后，瘧原蟲開始在接近皮膚的血管內出現。它們在患者的紅血球內繁殖，分裂成大量的小原蟲，這些小原蟲破壞紅血球并釋放一種毒素。每個小瘧原蟲又侵入其它紅血球而繼續繁殖，使得病人體內瘧原蟲和毒素越來越多，引起患者發冷和發燒。得了瘧疾的病人首先發冷，全身抖個不停，但體溫表測驗體溫是高的。大約經過一小時，病人才覺得發燒，這時體溫繼續上升，三、四小時之后開始出汗、體溫下降，再過幾小時病人覺得松快，病好像過去了，其實這時小原蟲已侵入新的紅血球，又開始繁殖。當瘧原蟲再次破壞紅血球而出時病人又發病而形成第二回合。除非獲得適當的治療否則這種發作將有規律地繼續下 去而令人痛苦不堪。瘧疾給人類造成的損失是相當大的，病人身體衰弱，工作效率低，嚴重時還會喪失生命。
　　日本乙型腦炎即流行性乙型腦炎，也是由蚊子(庫蚊與伊蚊)傳帶的，通常稱為大腦炎?；颊甙l燒、頭疼、嘔吐，抽風、昏睡、昏迷。治療上沒有特效藥品，所以病死率相當高。
　　蚊子咬吸了合有本病毒的人或動物的血液后，經過一個相當時期就具有了感染性，再叮咬沒有免疫力的人時可以使被咬者發病。
此外，庫蚊和按蚊還傳播絲蟲病。